医疗垃圾处理车灭菌方式一般有三种：
低温杀毒，紫外线杀毒，药品喷雾杀毒
根据医疗垃圾的特点设计，采用密闭性运输，后门为双层密闭结构，并采用迷宫式密封条，使车厢完全封闭，以达到防止医疗垃圾病菌毒气的扩散作用.厢体外壁采用玻璃钢、内壁板采用不锈钢板，可用腐蚀性消毒进行消毒，车厢底部四周及转角圆滑处理，宜清理死角，便于消毒。
车厢体具有紫外线消毒杀菌功能。紫外线灯正常工作时，辐射出大量的253.7nm紫外线，对微生物具有极强的杀伤力，在30-45分钟内杀灭细菌。产品具有密闭、防渗、防尘等性能；具备抗菌、阻燃、耐腐蚀、易清洗消毒等功能。厢体内部安装有自动喷雾装置，可进行自动喷雾消毒，杀菌。根据“医疗废物管理条例”规定，医疗废物转运车辆必须采用带有“医疗废物”标识和符合环保要求的专用车辆。
